في إبريل 2003 قام نظام ولد الطايع بإغلاق الجامعات الاسلامية ومن أبرزها معهد العلوم الإسلامية والعربية في المنتبذ القصي ، ومركز الدعوة والإرشاد السعودي بانواكشوط.
وفى مايو 2003، وفى خطوة رآها البعض تقربا للغرب من طرف نظام ولد الطايع للاستفادة من المكاسب المادية والمعنوية المرصودة أمريكيا لمكافحة الإرهاب. قام النظام باعتقال عشرات الأئمة والدعاة بتهمة التآمر على أمن ومعتقد البلاد
كما جرى استجواب كثيرين وتحذيرهم، قبل الافراج عنهم.
وشن النظام حملة شعواء عبر وسائل الإعلام على الرموز الدينية وقام بإغلاق الهيئات الإسلامية الخيرية في البلاد.
أجهزة الأمن تحدثت في مايو 2003 عن علاقات للإسلاميين مع شبكات إرهابية دولية، وقامت بتشديد الحراسة حول سفارتي الولايات المتحدة واسرائيل.
ووجت الاذاعة الوطنية نداءات الى المواطنين تدعوهم إلى استخدام أرقام هواتف وضعتها تحت تصرفهم مجاناً أجهزة الأمن لحماية أرواحهم وإبعاد خطر الإرهاب عن البلاد. والاتصال بهذه الأرقام في حال ملاحظة أي سلوك مريب. فكلنا معنيون بالدفاع عن أمننا وعن وطننا، تقول الإذاعة.
أغلق النظام هيئة الإغاثة الإسلامية العالمية وهي هيئة خيرية في المملكة العربية السعودية تابعة لرابطة العالم الإسلامي تأسست سنة 1979. وهي أول هيئة إسلامية مارست النشاط الخيري فى المنتبذ القصي بداية الثمانينيات، فحفرت الآبار و بنت المساجد وكفلت الأيتام وكان يديرها الإسلامي أحمد ولد الراظي.
وأغلق منظمة مسلمي إفريقيا وهي منظمة خيرية أسسها الطبيب الكويتي عبد الرحمن السميط و تقوم بأعمال خيرية وكان يدير أعمالها فى المنتبذ القصي السوداني محمد عبد المومن
وأغلق رابطة العالم الإسلامي ولها نشاطات خيرية وكان يديرها الشيخ محمد الأمين ولد ميَّ.
و أغلق هيئة الأعمال الخيرية الإماراتية والتي بدأت أعمالها فى المنتبذ القصي سنة 1986 وتولى إدارتها اسحاق ولد الكيحل وتتميز هيئة الأعمال الخيرية بكثافة نشاطها وتنوعه وانتشاره على نطاق واسع فى البلد ، وكان مكتب الهيئة في موريتانيا يكفل أكثر من 1500 يتيم ويمول العديد من المشاريع الإنسانية تشمل حفر الآبار وبناء المساجد وتوزيعات غذائية لصالح المحتاجين فى المناطق الفقيرة والمنكوبة إضافة إلى أنشطتها فى مجال التعليم والصحة، وقد قامت ببناء فندق المزارعين فى روصو وأنشأت سد " إقليكَ لفطح " فى بو امديد وسوق "مرصتْ الإمارات" بالميناء، وقد لقيت دعما ماليا هاما من رجل الأعمال الإماراتي عبد اللطيف السركال فأنشأت " الهيئة العربية للإستثمار " وكان مقرها فى عمارة المامي بالعاصمة وكانت هيئة مالية للاستثمار.
واعتقلت السلطات مدير ممثلية "هيئة الاغاثة الاماراتية" اسحاق ولد الكيحل، والمسؤول المالي فيها أحمدو بمب، ومسؤول العلاقات الخارجية عبدالله صار.
كل هذه الهيئات هي هيئات خيرية كانت تقوم بأنشطة عديدة يستفيد منها الكثير من الفقراء في رمضان والعيد، ومنها مشروع إفطار الصائم ويشمل 50 ألف صائم، والعيديات لأكثر من 3 آلاف أسرة يتيمة، وكسوة العيد لـ 6 آلاف أسرة فقيرة، وتوزيع زكاة الفطر "أحيانا مبالغ مالية وأحيانا مواد غذائية" على 6 آلاف أسرة، وتوزع لحوما يوم العيد لـ 10 آلاف أسرة فقيرة، فضلا عن دعم طلبة المحاظر، والأئمة وقراء التراويح.
لم يكتف نظام ولد الطايع بإغلاق الهيئات، بل قام بتسليم محمدو ولد صلاحي، ورفيقيه إلى الولايات المتحدة الأمريكية.
رئيس الوزراء الشيخ العافية ولد محمد خونة، حمل بشدة على الحركات الاسلامية، في خطاب ألقام يوم ١٩ مايو ٢٠٠٣، تحدث فيه عن الجماعات الإسلامية واصفا إياها بأقذع النعوت ووصف الإسلاميين بالعملاء والمتخلفين.
وحذر الشيخ العافية من أنه سيتم التصدي لهم بحزم. وقال ان موريتانيا شهدت في الآونة الأخيرة انماطاً من السلوك الشاذ لم تكن معروفة في بلد يعرف بالتسامح تمثلت في تكفير علمائنا وسبهم وترهيبهم، وأن الاسلاميين عملوا على تضليل المواطنين وتحريضهم على العنف ودفع النساء الى النزول الى الشوارع في زي غريب على تقاليدنا وعاداتنا الاسلامية، مضيفا أن الاسلاميين حاولوا خلال السنوات من 1994 الى 2000 القيام بأعمال ارهابية منيت بالفشل.
وقال الشيخ العافية 'ن الشعب الموريتاني لن يقبل الوقوع في فخ هذه الحركات المشبوهة وسيقف وقفة رجل واحد للتصدي لها، معتبراً انها "دمرت بلدانا كثيرة.
انقضى مايو ودخل يونيو 2003 والحملة على أشدها ضد الإسلاميين، ولم تنقض العشر الأوائل منه حتى زعزع صالح ولد حنن ورفاقة أركان النظام وهرب الشيخ العافية ولوليد إلى سفارة إسبانيا.
خرج الإسلاميون المعتقلون من السجون بعدما عمت الفوضى البلاد أثناء يومي المحاولة الانقلابية، الثامن والتاسع من يونيو 2003، وعندما استعادت السلطات زمام الأمور، سلم الشيخ محمد الحسن ولد الددو نفسه طواعية إلى الشرطة هو ومجموعة من الإسلاميين خرجوا معه من المعتقل، مساء العاشر من يونيو ٢٠٠٣.
وأصدرالشيخ الددو بيانا دعا فيه إلى حقن الدماء، في إشارة إلى المحاولة الانقلابية الفاشلة التي وصفها بالفتنة العظيمة.
وقال في بيانه "إننا نبرأ إلى الله من قتل الأبرياء والإفساد في الأرض، ونسأل الله أن يحقن دماء المسلمين ويجعل بلدنا آمنا".
بعد حين وفي في خطوة ثالثة قرر نظام ولد الطايع إغلاق جميع المحاظر ذات النشاط العلمي البارز مثل محظرة النباغية ومحظرة التيسير ومحظرة أم القرى ومحظرة تندغماجك . .
قبل أن تغلق المحاظر حدث انقلاب 3 أغسطس 2005 ، يقول أحمدو سالم ولد الداهي رحمه الله:
محظرتْ النباغيه كان:: ذ الصّيد إلّ هون، اگـبَـلها
لاهِ يگـفلها، غير اتبان :: گـفلتو سابگ يگـفلها
